Dime a que te refieres con "limpiar ruidos" . ¿Zonas de silencios? ¿Ruido de fondo? o quizas ¿"cricks" y "piks"?
De entrada ya te digo que Ardour , a diferencia de audacity, no puede editar la "onda".
Así que si son "cricks" y "piks" deberas hacerlo con audacity. ( o rezound , etc)
Respecto al resto de opciones tienes desde la edicion a puertas de ruido, o resta de pistas comprimidos