Hola marxtrosky,
Dando por hecho que arrancas jack con la interfaz correcta, y enchufas la guitarra a la entrada line 1, añades una pista mono en ardour y conectas (a través de qjackctl o bien a través del mezclador de ardour, debajo del nombre coloreado de la pista) el system:capture_1 (que representa la primera entrada de la tarjeta) a la entrada de la pista de ardour. Bueno, no estoy seguro si line 1 de la lexicon Omega es el system:capture_1 o quizás sea el 3, porque hay dos entradas de micro que es posible que sean la 1 y la 2. Prueba a ver.
Esto sería lo más básico (1ª aproximación) pero no va a ser válido porque de esta forma grabas la guitarra limpia y con una señal muy débil.
Lo suyo es grabarla a través de un previo.
Físicamente: Guitarra -> Ampli -> Micro -> Previo -> Tarjeta de audio. Virtualmente (conexiones de jack), lo de arriba.
O si no, a través de un ampli virtual como guitarix y/o un rack de efectos virtual como rakarrack. Entonces puedes hacer, físcamente: Guitarra -> Tarjeta de audio. Y virtualmente (conexiones de jack): system_capure -> entrada ampli virtual y salida ampli virtual -> entrada pista de ardour.
Saludos, Pablo