Hola Pipe,
Hydrogen no puede abrir archivos MIDI, entonces una solución puede ser importarlo desde Rosegarden u otro secuenciador y usar hydrogen como sintetizador solamente. Sólo hay que direccionar la pista MIDI del secuenciador a la entrada MIDI de hydrogen. En Rosegarden a través de "Gestionar dispositivos MIDI". Eso sí, si el mapeado no sigue algún estándard será difícil adivinar qué instrumento corresponde a qué nota del archivo MIDI.
Con respecto a la otra pregunta, creo que lo mejor es que hagas una inserción prefader. (Otra forma es por medio de un plugin pero te da menos flexibilidad). Direccionas la entrada y salida hacia tu rack de efectos preferido, sea virtual o hardware. En el primer caso, te sugiero rakarrack, una maravilla. O también, guitarix. También lo puedes hacer vía hardware; si tienes alguna entrada y salida analógica de sobra en tu tarjeta enchufas físicamente los cables a tu pedal o rack de efectos. La salida procesada la puedes grabar a otra pista conectando la salida de la pista original a la entrada de la nueva pista y grabando en ésta.
Saludos, Pablo